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二代測序

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二代測序服務內容

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  二代測序服務項目內容表:

  樣品處理方法:

標本類型 取樣要求 保存溫度及送樣要求
血液 取足量血液后置于含有抗凝劑EDTA,并且用液氮預凍過的裝血管中,-80°C保存 -80°C,干冰送樣
細胞 細胞懸浮,用Pbs清洗兩次,離心后去上清,用1mL的Trizol重懸浮,-80°C保存 -80°C,干冰送樣
普通樣本(組織、糞便、土壤) 新鮮樣本取樣后直接置于用液氮預凍過的離心管中,重放回液氮中速凍,然后-80°C保存 -80°C,干冰送樣
病毒DNA,大量水樣 需提取DNA,-80°C保存 -80°C,干冰送樣

  真核轉錄組(有參/無參)分析常見問題:

  1、能否通過轉錄組研究找到我想要的基因,以及它在不同樣本之間的表達差異?

  可以,但前提是樣本物種中的確存在該基因。對轉錄組數據進行樣本間差異分析可以得到基因的表達量差異,以及差異是否顯著。有參轉錄能夠直接通過結果文件找到目的基因的名稱及相關信息,無參轉錄則需要通過BlastX進行比對尋找。

  2、能否通過轉錄組研究找到針對某一特定功能的基因,以及分析它的表達情況?

  可以。轉錄組分析通過GO數據庫比對,能夠得到與GO數據庫中不同功能相關的基因信息,以及其在實驗組中的上、下調情況

  3、可變剪切都有些什么剪切,通過轉錄組分析我能得到什么?

  可變剪切共分為5種:SE(外顯子跳躍)、RI(內含子滯留)、MXE(外顯子互斥)、A5SS(5‘端外顯子可變剪切)以及A3SS(3’端外顯子可變剪切)。可變剪切是調節基因表達和產生蛋白質組多樣性的重要機制,同時也是轉錄組研究的一個重要內容。轉錄組分析能夠分析出某一特定可變剪切所處的基因名稱,染色體位置,在不同樣本之間的表達量差異以及差異顯著性等

  4、SNP、Indel主要指什么?

  SNP和Indel分別指單核苷酸多態性(單堿基變異)和核苷酸插入缺失(多堿基插入/缺失),表明了實驗組在經過處理后的基因變異情況。通過轉錄組研究能夠得到不同基因不同位點上發生的變異和影響情況,對腫瘤等研究具有重要意義。

  結果展示:

  圖一:差異基因篩選。火山圖能夠直觀的展示具有顯著性差異表達的基因數目

  圖二:數據質控。測序得到的原始測序序列(Sequenced Reads)或者raw reads,里面含有帶接頭的、低質量的reads,為了保證信息分析質量,必須對raw reads過濾,得到clean reads,后續分析都基于clean reads。在測序過程中會存在一定的錯誤率,測序錯誤率分布檢查可以反映測序數據的質量。

  16S/18S/ITS擴增子測序常見問題:

  1、擴增子與宏基因組的差別?

  擴增子主要分為16S、18S、ITS測序,關注環境樣本中的物種組成,該技術物美價廉,實用性高。宏基因組關注環境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息,該技術深入挖掘環境樣本功能層面的信息。

  2、樣本送到公司,什么時候可以拿到結果?

  自樣本檢測合格之后開始計算周期,包括建庫、測序、數據分析、結題。擴增子周期一個月左右。

  3、擴增子測序主要能夠得到的結果有哪些?

  擴增子測序主要是能夠不通過分離篩選,直接提取環境中的總DNA進行測序,得到某一生態環境或處理中微生物群落的物種分布、α多樣性(樣本內)以及β多樣性(樣本間);同時,當樣本來自于環境如土壤、水樣等,還可以分析環境因子與該樣本內物種之間的關聯性。

  結果展示:

  圖三。物種進化樹。能夠得到屬水平前100屬的代表序列間的遠近關系及在不同樣本間的豐度信息。

  圖四:PCA主成分分析。能夠最大程度反映樣本間差異。如果樣本的群落組成越相似,則它們在PCA圖中的距離越接近。

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